厚生労働省からの照会概略
製造業者等が納付することとなる副作用拠出金、感染拠出金及び安全対策等拠出金の税法上の取扱いについては、「各拠出金に係る申告書が提出された日（納入告知書により決定される拠出金については、納入告知書の送付を受けた日）の属する事業年度又は年分の損金の額又は必要経費に算入して差し支えない」ものと考えられるが、念のため照会する。
国税庁からの回答
貴見のとおりで差し支えありません。
https://www.nta.go.jp/law/bunshokaito/hojin/040616-2/01.htm