PMDAの前身である「医薬品副作用被害救済・研究振興調査機構」は1979年(昭和54年)に「医薬品副作用被害救済基金」として設立され、1980年(昭和55年)5月から「医薬品副作用被害救済業務」を開始しました。
併せて、国や関係製薬企業から委託された「スモン患者に対する健康管理手当等の受託・貸付業務」、公益財団法人友愛福祉財団から委託された「HIV感染者、エイズ発症者に対する健康管理費用等の受託給付業務」を行ってきました。
さらに、2004年(平成16年)4月からは、生物に由来する原料や材料を使って作られた医薬品と医療機器による感染等の健康被害について救済する「生物由来製品感染等被害救済業務」、2008年(平成20年)1月16日からは、「特定フィブリノゲン製剤及び特定血液凝固第IX因子製剤によるC型肝炎感染被害者を救済するための給付金の支給に関する特別措置法」に基づく給付金の支給等の業務を開始しています。
医薬品医療機器法の施行に伴い、2014年(平成26年)11月25日からは再生医療等製品が医薬品副作用被害救済制度と生物由来製品感染等被害救済制度の対象となり、その支給等の業務も行っています。