PMDAが行う安全対策業務に必要な費用には、国費及び安全対策等拠出金が充てられることになっています。
安全対策等拠出金は、独立行政法人医薬品医療機器総合機構法に基づき、毎年4月1日において医薬品医療機器法の規定により医薬品、医療機器、再生医療等製品又は体外診断用医薬品の製造販売業の許可を受けている者が、毎年度7月31日までに医薬品医療機器総合機構に申告・納付することとされています。
この拠出金は、上記の製造販売業者が前年度の医薬品、医療機器等の総出荷数量に応じて申告・納付するものです。
注）2025年度よりオンラインでの申告・納付が可能となります。（拠出金のオンライン申告・納付について）