水銀体温計は、破損しないように注意し、各自治体が定めた方法に従い分別して廃棄します。もし、破損した場合は、曝露防止のためゴム手袋を着用し、ガムテープ、スポイト、アクリル板(下敷き、クリアファイルなど)等を利用し水銀を回収してください。回収した水銀および回収に使用した器具はポリ袋に密閉し、分別して廃棄します。
水銀体温計に含まれる水銀は、金属水銀です。水銀は放置しておくと気化する性質があり、吸い込むことで、精神-運動機能の低下、短期記憶障害、震えといった神経系の毒性が発現することが知られています。このような健康被害や環境汚染を防止するために、水銀を使用した製品に対する規制が世界的に進んでいます。本邦では2020年末までに水銀体温計の製造は中止されます。